Các nhà khoa học không chắc chắn về các chuyển động cơ thể chính xác liên quan đến sự giao cấu của stegosaurus vì không có sẵn các ví dụ hiện đại; tuy nhiên, họ có một số giả thuyết dựa trên hậu duệ còn sống của khủng long. Chắc chắn con đực không gắn kết với con cái như hầu hết các loài động vật. Thay vào đó, chúng có thể nằm sấp, hoặc con cái nằm xuống trong khi con đực đứng bên cạnh. Các nhà khoa học thậm chí còn cho rằng họ có thể đã chống lưng cho nhau.
Một thực tế đã biết là khủng long, bao gồm cả khủng long stegosaurus, đã đẻ trứng. Khi đó, về mặt sinh học, thời gian cần thiết để sinh sản là rất ít, mặc dù chúng phải có sự gần gũi về thể chất thực sự, không giống như cá. Thay vào đó, giống như các loài chim hiện đại, có thể một lượng nhỏ tinh trùng gửi vào con cái có thể thụ tinh với trứng trong vài tuần.
Vì không có mô mềm nào được bảo quản hoặc ấn tượng về mô mềm được tìm thấy từ bất kỳ loài khủng long nào vào thời điểm này, nên không thể biết những sinh vật rất xương và gai này sinh sản như thế nào. Tuy nhiên, giống như nhím và nhím hiện đại, rõ ràng là chúng đã sinh sản hàng nghìn năm. Thiên nhiên luôn tìm ra cách và có thể cơ quan sinh dục của cả nam và nữ đã được tạo hình đặc biệt để quá trình này diễn ra mà không gặp quá nhiều khó khăn.
