Núi Phú Sĩ, ngọn núi cao nhất ở Nhật Bản, được hình thành do một loạt vụ phun trào núi lửa xảy ra trong khoảng 100.000 năm qua. Các nhà địa chất đã xác định bốn giai đoạn chính của quá trình phun trào núi lửa trong quá trình hình thành của Núi Phú Sĩ. Các giai đoạn này lắng đọng các lớp đá bazan và đá andesit trong núi. Núi lửa vẫn đang hoạt động, với lần phun trào gần đây nhất xảy ra vào năm 1707.
Các lớp sâu nhất của Núi Phú Sĩ được hình thành bởi một số núi lửa cũ có tên là Komitake và Ko-Fuji. Những ngọn núi lửa này đã hoạt động cho đến khoảng 10.000 năm trước. Hình dạng của hai ngọn núi lửa bên dưới góp phần tạo nên sự bất thường của hình dạng hiện tại của núi lửa. Komitake và Ko-Fuji trở nên ngừng hoạt động khi các dòng dung nham lớn bắt đầu xuất hiện từ ngọn núi lửa hiện đang hoạt động. Ngọn núi lửa này, được gọi là New Fuji, lắng đọng một lượng lớn đá bazan trên các ngọn núi lửa cũ.
Hầu hết các vụ phun trào xảy ra từ 3.000 đến 4.500 năm trước. Lần phun trào cuối cùng của Fuji vào năm 1707 là lần phun trào lớn nhất trong lịch sử, và nó diễn ra trên đỉnh núi lửa. Hơn 100 ngọn núi lửa hình nón nhỏ hơn được tìm thấy trên sườn núi, nhưng những ngọn núi này ít hoạt động hơn đáng kể. Bắt đầu có mối quan tâm từ năm 2000 rằng núi lửa ở núi Phú Sĩ đã thức giấc và sẽ phun trào trở lại, nhưng một vụ phun trào ở thế kỷ 21 vẫn chưa xảy ra.
