Một bất lợi khi sử dụng Phát triển ứng dụng chung là các bên liên quan có thể giải quyết những thách thức sai khi phát triển ứng dụng vì họ đã tham dự cuộc họp mà không được chuẩn bị trước. Tương tự, việc lựa chọn những người tham gia vào các diễn đàn có thể thay đổi hoặc làm sai lệch kết quả. Nếu điều này xảy ra, toàn bộ quá trình phát triển ứng dụng có thể bị tổn hại. Một bất lợi khác là có thể không có đủ nguồn lực để giải quyết vấn đề.
Phát triển ứng dụng chung (JAD) là một cách tiếp cận để phát triển hệ thống bằng cách kết hợp trải nghiệm người dùng cuối vào quy trình. Những người ủng hộ ý tưởng cho rằng giao tiếp kém giữa các nhà phát triển hệ thống chuyên nghiệp và người sử dụng hệ thống là nguyên nhân gây ra một nửa số lỗi hệ thống. Mặc dù có những nhược điểm trên, JAD đã giúp các chuyên gia CNTT phát triển các hệ thống và ứng dụng hiệu quả hơn. Đáng chú ý, lợi thế lớn nhất là những người tham gia được thu hút từ các bộ phận khác nhau của một tổ chức. Thực tế là họ đến từ các trình độ kiến thức khác nhau có nghĩa là họ mang lại những nhu cầu khác nhau cần được đáp ứng. Ngay cả khi có những hạn chế, phương pháp này vẫn được coi là một phương pháp giải quyết vấn đề tuyệt vời. Nó sử dụng các công cụ nghiên cứu và truyền thông như phỏng vấn, nhóm tập trung và bảng câu hỏi. Mặc dù các cuộc phỏng vấn kéo dài và tốn kém, nhưng không thể nắm bắt được các tín hiệu không lời từ người trả lời bằng bảng câu hỏi.