Mục sư John Hagee ly dị người vợ đầu tiên của mình, Martha, vào năm 1975. Hai người đã kết hôn được 15 năm và có hai con: một con trai tên Christopher và một con gái tên Tish.
Mục sư của Nhà thờ Cornerstone sau đó kết hôn với người vợ thứ hai, Diana, khoảng một năm sau đó. Ông có ba người con với vợ Diana - Matthew, Christina và Sandy - cũng như tám đứa cháu, tính đến năm 2014. Matthew trở thành mục sư điều hành tại nhà thờ của cha mình.
Ngoài vai trò là mục sư của một nhà thờ lớn, phi giáo phái, Hagee còn viết một số sách và thường đi du lịch cùng gia đình với tư cách là thành viên của một nhóm hát.
