Canxit xuất hiện dưới dạng thạch nhũ và măng đá trong các hang động và cũng được tìm thấy trong các mỏ khoáng ở các suối nước nóng. Nó tạo thành vỏ của các sinh vật biển như hai mảnh vỏ và động vật da gai.
Canxit được tìm thấy trong đá trầm tích, chủ yếu là đá vôi, được tạo thành từ vỏ của các sinh vật biển đã chết.
Trong các hang động đá vôi, nước mưa chảy qua đá và hấp thụ carbon dioxide và các khoáng chất khác từ đá vôi. Sự kết hợp này tạo ra canxi bicacbonat, về cơ bản là một phiên bản hòa tan của canxit, trong nước. Nước nhỏ giọt từ trần nhà và để lại canxit trở thành thạch nhũ theo thời gian. Thạch nhũ hình thành khi thạch nhũ nhỏ nước xuống nền hang và nước lắng đọng canxit thành một đống cao dần theo thời gian.
Canxit có trong vỏ trai, san hô, cua và các sinh vật biển khác. Nó cũng có trong phần cứng của tảo đỏ, một số giun ống và một số bọt biển. Nó được tìm thấy trong đá núi lửa hoặc đá lớp phủ như kimberlite, cacbonatit và peridotit.
Hang động Snowy River ở New Mexico chứa một lòng suối chứa canxit trắng, được cho là do vi sinh vật và nước ngầm hòa tan các bức tường của hang động theo thời gian.
Các tinh thể canxit lớn nhất từng được ghi nhận được phát hiện ở Iceland và nặng khoảng 250 tấn.
