Việc lập hồ sơ DNA có lợi thế là giúp xác định các bệnh di truyền tiềm ẩn và giúp các nhân viên thực thi pháp luật xác định tội phạm. Nhược điểm của việc lập hồ sơ DNA bao gồm khả năng xảy ra sai sót và khả năng thông tin bị sử dụng cho các mục đích bất chính.
Việc lập hồ sơ DNA thường được sử dụng bởi các cặp vợ chồng đang tính đến chuyện có con nhưng lo lắng về bệnh di truyền. Nó cho phép các cặp vợ chồng này xác định nguy cơ con họ sinh ra mắc các bệnh này và có thể giúp tránh được nhiều đau khổ. Tuy nhiên, nguy cơ sai sót trong các kết quả xét nghiệm này có thể khiến các cặp đôi đưa ra quyết định dựa trên thông tin sai lệch.
Hồ sơ DNA cũng thường được sử dụng cho các mục đích thực thi pháp luật. Nó cho phép cảnh sát xác định đáng tin cậy các nghi phạm và có thể giúp loại bỏ những người vô tội khỏi một nhóm các nghi phạm. Sự ra đời của hồ sơ DNA đáng tin cậy hơn đã giúp cảnh sát giải quyết các vụ giết người nhiều thập kỷ sau khi chúng xảy ra. Nó cũng đã minh oan cho những người vô tội bị kết án sai.
Tuy nhiên, có những lo ngại về quyền riêng tư và cách dữ liệu này được sử dụng. Một số người lo lắng rằng các chính phủ có thể sử dụng hồ sơ DNA để phân biệt đối xử với các nhóm mà họ cho là không mong muốn. Thông tin được lưu trữ trong cơ sở dữ liệu máy tính, vì vậy nó có thể dễ bị tấn công bởi tin tặc. Việc lập hồ sơ DNA cũng có thể dễ bị sai sót hoặc nhiễm bẩn dẫn đến kết quả trùng khớp sai, liên quan đến một người vô tội. Nó cũng có thể được trồng tại các hiện trường vụ án và khiến một người vô tội gần như không thể nói rõ tên của mình.
