Một lợi thế của động vật biến đổi gen là chúng phát triển nhanh hơn và lớn hơn động vật tự nhiên và chúng có thể sản xuất hiệu quả hơn, theo Trung tâm Lịch sử Pháp lý và Động vật Đại học Bang Michigan. Một nhược điểm của việc biến đổi gen động vật là nó làm giảm tính đa dạng di truyền của loài, khiến loài dễ bị tổn thương hơn trước các loại bệnh truyền nhiễm mới.
Khả năng xóa các gen gây căng thẳng ở động vật và biến chúng thành không có tri giác là một lợi thế có thể có của động vật biến đổi gen, Đại học Bang Michigan lưu ý. Điều này khiến con vật không có khả năng cảm thấy đau đớn và có khả năng loại bỏ những đau khổ áp đặt trong cuộc sống công nghiệp. Một số người có thể coi đây là một bất lợi, vì nó có thể làm cho điều kiện của các nhà máy trở nên tồi tệ hơn đối với động vật và có thể làm gia tăng sự đau khổ của chúng. Những người ủng hộ công nghệ di truyền cũng coi việc cướp đi sự tôn trọng của động vật là vô đạo đức.
Đại học bang Michigan cho biết, động vật được biến đổi gen có thể chống lại các bệnh đã biết như ung thư vú di truyền tốt hơn. Điều này cho phép các nhà khoa học nghiên cứu chính xác hơn một số bệnh nhanh hơn và ít tốn kém hơn. Một lợi thế khác là các nhà khoa học có thể biến đổi gen động vật để tạo ra các protein phức tạp của con người, được sử dụng để tạo ra các loại thuốc điều trị mới. Phương pháp sản xuất protein phức tạp của con người này rẻ hơn, dễ sản xuất và sản xuất hàng loạt hơn và có thể dẫn đến việc hy sinh động vật ít hơn so với phương pháp truyền thống.
Các động vật bị biến đổi gen có thể tiêu diệt các quần thể hoang dã của cùng một loài nếu các động vật được biến đổi gen trốn vào tự nhiên, Đại học Bang Michigan cho biết. Chúng cũng có thể gây hại cho môi trường tự nhiên.