Lợi ích hấp dẫn nhất của hệ thống doanh nghiệp là nó cho phép sự hợp tác và hiệu quả giữa các bộ phận trong tổ chức. Đầu tư đáng kể thường được yêu cầu vào cơ sở hạ tầng và quy trình tổ chức, cùng với gánh nặng lập kế hoạch chiến lược và làm việc theo nhóm giữa các tổ chức, là những thách thức.
Khi thành công, việc triển khai hệ thống doanh nghiệp mang lại tiềm năng cho các lợi thế cạnh tranh chính. Các tổ chức có thể vượt qua các đối thủ cạnh tranh với việc sử dụng tài nguyên hiệu quả hơn, quản lý tổng thể tốt hơn các mối quan hệ khách hàng và cải thiện hiệu quả hoạt động. Chẳng hạn, một số công ty có hệ thống kết nối dự báo bán hàng với ngân sách sản xuất và tồn kho nguyên vật liệu.
Hệ thống doanh nghiệp được thúc đẩy bởi nền tảng phần mềm. Xây dựng cơ sở hạ tầng tối ưu, bao gồm giải pháp phần mềm phù hợp, là khoản đầu tư lớn của nhiều công ty. Đặt hệ thống phù hợp vào vị trí ngay từ đầu là một mối quan tâm. Một số công ty không dành thời gian để lập kế hoạch chiến lược ngay từ đầu, điều này làm tăng rủi ro của một khoản đầu tư tồi. Những người khác hoặc không nhận được sự tham gia lập kế hoạch chiến lược từ đủ lãnh đạo bộ phận hoặc họ xây dựng một chiến lược thất bại. Ngay cả với một chiến lược cẩn thận, việc triển khai một hệ thống phù hợp với công nghệ với sự tham gia của tất cả người lao động trong toàn tổ chức cũng là một trở ngại. Văn hóa cộng tác nâng cao cơ hội thành công, nhưng cũng cần giao tiếp và quy trình công việc rõ ràng.
