Một số khía cạnh tiêu cực đối với chế độ ăn ít chất béo bao gồm khuyến khích tiêu thụ thực phẩm có hại, tăng chất béo trung tính, tránh thực phẩm lành mạnh và giảm HDL hoặc cholesterol "tốt". Hơn nữa, chế độ ăn ít chất béo có thể làm giảm mức testosterone và có thể dẫn đến bệnh tim.
Mặc dù các nhà sản xuất có thể có ý định tốt nhất của mọi người, nhưng không thể phủ nhận rằng các sản phẩm đã loại bỏ chất béo không có vị ngon. Để bù đắp điều này, các nhà sản xuất thường đóng gói những thực phẩm "ít chất béo" này với đường. Kết quả của việc này là thực phẩm được dán nhãn là "ít chất béo" có thể chứa một lượng đường có hại. Chế độ ăn ít chất béo cũng thúc đẩy việc tiêu thụ lúa mì nguyên cám và dầu thực vật. Lúa mì nguyên cám, có chứa gluten, gây ra phản ứng bất lợi ở một số người, trong khi dầu thực vật có liên quan đến chứng viêm và bệnh tim về lâu dài.
Mức chất béo trung tính cao cũng có thể dẫn đến bệnh tim. Chế độ ăn ít chất béo, thường có nhiều carbohydrate, thường làm tăng mức chất béo trung tính của một cá nhân. Vì chế độ ăn ít chất béo có thể chứa thực phẩm có hại, chúng cũng có thể thúc đẩy việc tránh những thực phẩm lành mạnh, như trứng, thịt và sữa, tất cả đều là nguồn tuyệt vời của vitamin và khoáng chất cần thiết. Về mặt HDL, hay cholesterol "tốt", ăn chất béo thực sự có thể làm tăng các mức này, trong khi các nghiên cứu đã chỉ ra rằng chế độ ăn ít chất béo làm giảm chúng.
