Ưu điểm quan trọng nhất của phần mềm tùy chỉnh là nó được thiết kế riêng để đáp ứng các nhu cầu cụ thể của người dùng. Một doanh nghiệp không cần phải điều chỉnh các quy trình của mình để tận dụng tối đa phần mềm. Phần mềm tùy chỉnh có khả năng mở rộng cao hơn các gói phần mềm làm sẵn. Nó cũng tiết kiệm tiền cho chi phí mua lại phần cứng.
Phần mềm tùy chỉnh được thiết kế đặc biệt để đáp ứng nhu cầu của một doanh nghiệp nhất định. Loại phần mềm này có thể giúp bảo vệ doanh nghiệp khỏi các mối đe dọa từ bên ngoài. Phần mềm bán sẵn thường được sử dụng rất dễ bị tấn công. Mặt khác, phần mềm tùy chỉnh có thể không phải là mục tiêu của tin tặc vì nó có thể đòi hỏi nhiều nỗ lực hơn để hiểu cách xâm nhập hệ thống. Phần mềm tùy chỉnh có nhiều khả năng tương thích với các hệ thống hiện có hơn. Ít có khả năng là nhiều gói phần mềm làm sẵn sẽ hoạt động tốt và không bị lỗi. Người dùng có thể duy trì các ứng dụng tùy chỉnh miễn là chúng cần được sử dụng. Mặt khác, với các gói phần mềm làm sẵn, một doanh nghiệp lại phụ thuộc vào các nhà phát triển hoặc nhà cung cấp phần mềm. Trong trường hợp nhà phát triển phần mềm ngừng hoạt động hoặc quyết định không duy trì sản phẩm, thì người dùng buộc phải chuyển sang phần mềm.
