Cách chính mà hệ thống nội tiết ảnh hưởng đến hệ bài tiết là kiểm soát lượng nước thải ra theo nước tiểu. Hệ thống nội tiết tiết ra một loạt các hormone để khiến thận hấp thụ lại nước từ nước tiểu khi nồng độ nước trong máu thấp.
Vùng dưới đồi theo dõi mức độ điện giải trong máu. Nồng độ chất điện giải ngày càng tăng cho thấy tình trạng mất nước, trong khi nồng độ thấp hơn có thể cho thấy tình trạng thừa nước. Những nguyên nhân phổ biến nhất của tình trạng mất nước là uống không đủ nước, đổ nhiều mồ hôi và mất máu. Khi vùng dưới đồi phát hiện cơ thể bị mất nước, nó sẽ sản xuất ra hormone chống bài niệu, sau đó tuyến yên sẽ chuyển đến và tiết ra.
Hormone chống bài niệu lưu thông đến thận, nơi nó khiến chúng tăng tốc độ hấp thụ lại nước. Nó thực hiện điều này bằng cách khiến thận hình thành các kênh dẫn nước trong các ống dẫn nước qua thận. Nước chảy ngược vào máu làm giảm hormone chống bài niệu cho đến khi các kênh đóng lại.
Một hormone khác điều chỉnh cách thận hấp thụ nước là aldosterone, được sản xuất bởi tuyến thượng thận. Aldosterone thay đổi cách cơ thể đối phó với các hóa chất hòa tan để ảnh hưởng đến cách thận hấp thụ nước.