Chọn lọc gián đoạn có xu hướng làm tăng sự biến đổi di truyền trong quần thể, theo About.com. Điều này ngược lại với chọn lọc ổn định, có xu hướng hướng quần thể đến kiểu gen trung bình và loại bỏ các điểm khác biệt ở hai đầu của dân số trung bình.
Chọn lọc gián đoạn là một trường hợp đặc biệt của chọn lọc tự nhiên, khuyến khích nguồn gen trong quần thể phân hóa thành hai hoặc nhiều thái cực, About.com đưa tin. Trong một quần thể đang trải qua áp lực gián đoạn, quá trình chọn lọc ủng hộ đồng thời hai hoặc nhiều tính trạng, vì mỗi tính trạng có lợi thế đối với sức khỏe của sinh vật sở hữu nó và trừng phạt sự biểu hiện của các tính trạng hỗn hợp.
Một ví dụ về sự lựa chọn gián đoạn là cá bảy màu trong một con lạch. Nếu lòng lạch là hỗn hợp của đá cuội sẫm màu và cát nhạt và quần thể cá bảy màu có các gen biểu hiện cả hai kiểu ngụy trang, thì việc chọn lọc có tác dụng tách biệt từng kiểu ngụy trang và ngăn chặn sự trộn lẫn. Trong trường hợp này, bất kỳ cá bảy màu nào có ngụy trang tối hoặc sáng đều có thể tìm nơi trú ẩn giữa một trong hai loại nền, nhưng những cá thể có ngụy trang trung gian, hỗn hợp lốm đốm sáng và tối, nổi bật so với cả hai nền và dễ dàng cho những kẻ săn mồi điểm. Trong những điều kiện như thế này, sự chọn lọc tạo điều kiện cho sự khác biệt của hai quần thể và làm tăng tính đa dạng di truyền tổng thể của vốn gen.
