J.J. Mô hình nguyên tử nguyên tử của Thomson được gọi là Mô hình nguyên tử Pudding Plum, và nó dựa trên ý tưởng rằng các điện tử là các hạt mang điện tích âm được phân tán ra ngoài nguyên tử mang điện tích dương. Trong khi Thomson đã đúng về sự tồn tại của các điện tử, ông đã sai về vị trí của chúng trong nguyên tử.
Thomson đã so sánh cách mà các electron phân tán khắp nguyên tử với những hạt nho khô của một chiếc bánh pudding mận. Lý thuyết này cho rằng các điện tích âm và dương trong nguyên tử tồn tại trong cùng một phạm vi tồn tại, nhưng phải đến năm 1911, người ta mới phát hiện ra vị trí của hạt nhân chứa các điện tích này. Người đã phát hiện ra hạt nhân, Ernest Rutherford, một thời là học sinh của Thomson và đang thực sự thử nghiệm lý thuyết của Thomson khi ông tự mình khám phá ra: thay vì phân tán khắp nguyên tử, các electron quay quanh một hạt nhân mang điện tích dương. Khi Rutherford phát hiện ra rằng các hạt trong giấy bạc có thể làm chệch hướng các hạt H2 + vào năm 1911, mô hình bánh pudding mận được dành riêng cho mô hình của Rutherford. Thomson cũng từ bỏ mô hình của chính mình để ủng hộ mô hình của Rutherford.
Trong suốt sự nghiệp của Thomson, ông đã giữ một số vị trí nổi bật nhờ những khám phá của mình. Ông được Hoàng gia Anh phong tước hiệp sĩ năm 1908 cùng với giải Nobel năm 1906. Mặc dù lý thuyết bánh pudding mận của Thomson bị bác bỏ, nhiều yếu tố trong khám phá của ông như electron là chìa khóa để tìm ra và xây dựng mô hình đó. được sử dụng hiện tại.
