Hai nhánh chính của Hồi giáo là Hồi giáo Sunni và Shia. Sự khác biệt cơ bản trong niềm tin của họ là việc kế vị Mohammad. Một điểm khác biệt nữa là cách giải thích Kinh Koran.
Sunni Islams tin rằng Mohammad có ý định để cộng đồng Hồi giáo chọn người kế vị bằng sự đồng thuận. Tên "Sunni" có nghĩa là "truyền thống", và những người theo dõi tin rằng kinh Koran là xác thực và không thể được thêm vào hoặc lấy từ. Khoảng 90% người Hồi giáo là người Sunni.
Shia Islams, hay người Shiite, tin rằng Mohammad đã chọn con rể của mình, Ali, làm người kế vị. Tên của họ có nghĩa là "đảng phái" và họ cư trú chủ yếu ở Iraq, Iran và Yemen. Họ coi Kinh Koran là không xác thực và đưa ra cách giải thích của riêng họ cho các học thuyết của nó.