Vi khuẩn được coi là "vi khuẩn thực sự", theo Reference.com. Chúng có đặc điểm là thiếu màng nhân, nhiễm sắc thể hình tròn đơn và có thành tế bào cấu tạo bởi peptidogycan.
Một hệ thống phân loại phổ biến chia tất cả các sinh vật thành ba lĩnh vực: vi khuẩn, vi khuẩn cổ và sinh vật nhân chuẩn. Từ "eubacteria" bắt nguồn từ các từ "eu", có nghĩa là "thật" và "vi khuẩn". Eubacteria là sinh vật nhân sơ, có nghĩa là chúng có nhân sơ khai. Vật chất nhân của vi khuẩn không bị ràng buộc bởi một màng nhân riêng biệt, như ở sinh vật nhân chuẩn. Ngoài ra, vật chất di truyền của vi khuẩn hoặc DNA, hiện diện dưới dạng một nhiễm sắc thể hình tròn duy nhất.
Thành tế bào của vi khuẩn được cấu tạo bởi peptidoglycan, trái ngược với cellulose, giống như ở thực vật. Chúng là những sinh vật đơn bào, và chủ yếu sinh sản thông qua quá trình phân hạch nhị phân. Vi khuẩn có thể di động hoặc không di động. Vi khuẩn có khả năng di chuyển có thể di chuyển do sự hiện diện của trùng roi. Trường Cao đẳng Kỹ thuật Augusta lưu ý rằng vi khuẩn có thể hình thành bào tử, điều này cho phép chúng tồn tại lâu dài trong điều kiện bất lợi. Vi khuẩn eubacteria còn được phân loại thành vi khuẩn gram dương hoặc vi khuẩn gram âm, tùy thuộc vào việc chúng có nhuộm gram hay không. Vi khuẩn Eubacteria và Archaebacteria tiến hóa từ một tổ tiên chung, nhưng có đủ sự khác biệt để xứng đáng với hai lĩnh vực riêng biệt trong phân loại sinh vật.
