Động vật nguyên sinh di chuyển bằng cách kéo dài tế bào, lông roi và lông mao; Phương thức di chuyển được xác định bởi loại sinh vật và môi trường xung quanh. Động vật nguyên sinh được phân thành ba nhóm: ciliates, amip và trùng roi. Các trực khuẩn di chuyển bằng cách sử dụng các lông mao nhỏ, trùng roi di chuyển trong nước bằng cách sử dụng trùng roi làm mái chèo và mái chèo và amip bò dọc theo các bề mặt bằng cách kéo dài các phần của tế bào của chúng.
Các liên kết tạo thành nhóm động vật nguyên sinh lớn nhất. Những sinh vật này có kích thước khác nhau và thường sống trong môi trường nhiều nước, bao gồm đại dương, đầm lầy, vịnh và suối. Những sinh vật này chứa các cấu trúc đặc biệt, được gọi là lông mao, về cơ bản là những sợi nhỏ giống như sợi tóc hoạt động như cảm biến và các chi nhỏ. Các chi có vài trăm lông mao bao phủ khắp cơ thể. Các loài sinh vật sống dưới nước sử dụng các lông mao của chúng để di chuyển trong nước bằng cách đập chúng theo các mô hình nhịp nhàng theo chuyển động giống như động tác của mái chèo. Trùng roi cũng chủ yếu sống trong nước và sử dụng các lông roi giống đuôi dài của chúng để di chuyển trong nước. Các roi này hoạt động giống như bánh lái bằng cách giúp các roi ổn định khi chúng di chuyển. Các chuyển động của các tế bào liên kết và trùng roi khá khác với các loài amip, chúng có màng tế bào linh hoạt hoạt động như bàn chân. Amoebas vượt qua các bề mặt bằng cách kéo dài, uốn cong và uốn cong các cấu trúc tế bào này, chúng phình ra bên ngoài để giúp amip di chuyển trong môi trường của chúng.
