Hệ vi sinh bản địa được định nghĩa là cộng đồng các vi sinh vật sống trên hoặc trong một sinh vật sống khác hoặc trong một môi trường cụ thể. Các vi sinh vật này bao gồm vi khuẩn, tảo và nấm.
Mô động vật khỏe mạnh, chẳng hạn như máu và cơ, thường không có vi sinh vật, nhưng có nhiều nơi trên và trong cơ thể khỏe mạnh luôn tồn tại vi sinh vật, bao gồm da, màng nhầy và ruột đường ống. Hệ thực vật bình thường này, còn được gọi là "hệ vi sinh vật bản địa", thường không gây bệnh trong tự nhiên và trong hầu hết các trường hợp, mang lại lợi ích cho vật chủ. Phần lớn, mối quan hệ giữa vật chủ và hệ thực vật của nó có thể được mô tả là "tương hỗ". Trong khi vật chủ cung cấp cho vi khuẩn nguồn cung cấp chất dinh dưỡng liên tục và bảo vệ khỏi môi trường, vi khuẩn hỗ trợ quá trình tiêu hóa của vật chủ và giúp bảo vệ vật chủ khỏi bị nhiễm vi khuẩn gây bệnh.
Các vi khuẩn sống trong cơ thể người khỏe mạnh trung bình đại diện cho một số lượng rất lớn các tế bào. Cơ thể con người được tạo thành từ khoảng 10 nghìn tỷ tế bào, nhưng theo tạp chí Discover, số lượng tế bào vi khuẩn mà cơ thể đóng vai trò vật chủ lên tới gần 100 nghìn tỷ hoặc gấp 10 lần. Tuy nhiên, bởi vì các tế bào vi khuẩn rất nhỏ, toàn bộ quần thể vi sinh vật đó sẽ chỉ lấp đầy một cái bình nửa gallon.
