Đôi khi, gấu trúc và cú sừng lớn gây ra mối đe dọa cho đại bàng hói trong tổ. Tuy nhiên, vì kích thước lớn và khả năng săn mồi mạnh mẽ của chúng, đại bàng hói không phải là con mồi thường xuyên của bất kỳ loài nào.
Mặc dù chúng hiếm khi bị săn mồi trong tự nhiên, nhưng đại bàng hói trong lịch sử đã từng bị đe dọa bởi các hoạt động của con người. Ví dụ, đại bàng đứng đầu chuỗi thức ăn nên chúng rất dễ bị ảnh hưởng bởi các hóa chất độc hại trong môi trường; mỗi bước lên một chuỗi thức ăn có xu hướng tập trung độc tố ở các loài con mồi. Dichlorodiphenyltrichloroethane, một loại thuốc trừ sâu độc hại thường được sử dụng ở Hoa Kỳ bắt đầu từ những năm 1940, gần như khiến đại bàng hói tuyệt chủng. Năm 1963, quần thể đại bàng hói đầu đã giảm xuống còn 487 cặp làm tổ. Tuy nhiên, rất may, DDT đã bị cấm ở Hoa Kỳ vào năm 1972, và đến năm 2007, ước tính có khoảng 9.789 cặp làm tổ ở Hoa Kỳ tiếp giáp.
