Ngoài con người, đại bàng hói có rất ít kẻ thù tự nhiên và đại bàng trưởng thành không có động vật ăn thịt tự nhiên. Tổ và trứng đôi khi bị mòng biển, quạ, diều hâu, cú và những con đại bàng khác săn mồi, linh miêu, gấu đen và gấu trúc.
Vì tổ của đại bàng thường ở trên cây cao và rất lớn, nên những loài ăn thịt leo núi kém hiếm khi tiếp cận với trứng và con non, và đại bàng hói là những bậc cha mẹ đủ chú ý để bảo vệ con non của chúng khỏi bị hại trong hầu hết các trường hợp. Tuy nhiên, khả năng tiếp cận thức ăn kém có thể khiến con non dễ bị tổn thương do chim bố mẹ phải săn mồi lâu hơn và xa tổ để cung cấp cho con cái của chúng.
