Do có lớp vỏ cứng và lớp da dày, những con rùa sa mạc trưởng thành chỉ là con mồi của sư tử núi. Rùa sa mạc non dễ bị tổn thương hơn nhiều và chúng cũng bị cáo mèo, sói đồng cỏ, chó hoang, cáo xám, linh miêu, lửng, quạ, săn đường và quái vật Gila ăn thịt.
Rùa sa mạc cái bảo vệ những quả trứng dễ bị tổn thương của chúng trong một thời gian, nhưng khi chúng nở ra, những con rùa non phải dựa vào màu sắc khó hiểu của chúng để tồn tại. Rùa sa mạc trú ẩn trong hang khi chúng không tìm kiếm thức ăn hoặc bạn tình, và chúng là những thợ đào lão luyện. Phương án cuối cùng, rùa sa mạc ở mọi lứa tuổi đều đi tiểu để khiến bản thân kém ngon miệng trước những kẻ săn mồi tiềm năng.
