Cleopatra có bốn người con, theo Discovery. Một người là con trai của Julius Caesar. Ba người còn lại, hai chàng trai và một cô gái, cô ấy có với Mark Antony.
Con trai đầu tiên của Cleopatra được đặt tên là Caesarion theo tên cha mình. Ông bị sát hại theo lệnh của Octavian, nhưng những người con của Cleopatra và Marc Antony được tha. Hai người con lớn nhất trong số những đứa trẻ này là một cặp song sinh, một bé trai tên là Alexander Helios và một bé gái tên là Cleopatra Selene. Một tác phẩm điêu khắc tồn tại tại Bảo tàng Ai Cập ở Cairo được cho là đại diện cho cặp song sinh này. Đứa con cuối cùng của họ là một cậu con trai tên là Ptolemy Philadelphus. Sau cái chết của cha mẹ, ba đứa trẻ đến Rome, nơi chúng được nuôi dưỡng bởi vợ của Mark Antony, Octavia.