Cá heo mũi chai là sinh vật tiêu thụ bậc ba ăn động vật biển như động vật giáp xác, mực và cá. Những kẻ săn mồi duy nhất mà cá heo lo ngại là một số loài cá mập và cá voi sát thủ.
Trong chuỗi thức ăn, có những nhà sản xuất chính, bao gồm thực vật và tảo. Những nhà sản xuất này tự chế biến thức ăn và thức ăn cho các sinh vật khác. Người sản xuất bị ăn bởi những người tiêu dùng chính, chẳng hạn như ấu trùng cua và tôm. Những người tiêu thụ thứ cấp, chẳng hạn như mực, cá và giun, ăn những người tiêu thụ sơ cấp. Những sinh vật tiêu thụ cấp ba hoặc thứ ba, chẳng hạn như cá heo mũi chai, ăn thịt những sinh vật tiêu thụ chính.
Mặc dù cá chiếm một phần lớn trong chế độ ăn uống của cá heo, nhưng các loại thức ăn khác mà chúng ăn thường phụ thuộc vào nơi cá heo sống. Những người sống gần bờ có xu hướng bao gồm các sinh vật sống dưới đáy trong khẩu phần ăn của họ, trong khi những người sống ngoài biển khơi đôi khi sẽ lặn sâu tới 500 feet để tìm thức ăn.
Mặc dù cá heo mũi chai thường được coi là đứng đầu chuỗi thức ăn trong hệ sinh thái biển, nhưng đôi khi chúng bị một số loài cá mập lớn và cá voi sát thủ ăn thịt. Ngoài ra, chúng còn bị đe dọa bởi sự xâm lấn của con người và ô nhiễm.