Cá heo ở gần đầu chuỗi thức ăn của chúng với một số loài săn mồi tự nhiên khác ngoài cá mập. Khi đối mặt với kẻ săn mồi, cá heo thường quay tròn, húc đầu hoặc dùng đuôi để đánh con vật khác trong tự vệ. Theo Chương trình Nghiên cứu Cá heo Sarasota, cá mập thường tấn công cá heo từ phía sau hoặc bên dưới thể hiện qua vết cắn.
Đôi khi, cá heo và cá mập bơi trong vùng nước gần đó mà không tương tác với nhau. Chúng thường kiếm ăn cùng một đàn cá. Chương trình Nghiên cứu Cá heo Sarasota chỉ ra rằng có những câu hỏi đặt ra là liệu cá mập tấn công cá heo để lấy thức ăn hay để bảo vệ lãnh thổ của chúng.
Con người là một trong những mối đe dọa lớn nhất đối với cá heo. Ô nhiễm, bao gồm thuốc trừ sâu, nhựa, kim loại nặng và các vật liệu phân hủy chậm trong đại dương, tập trung ở cá heo. Những con vật này thường bị thương hoặc chết khi va chạm với tàu thuyền, va chạm với chân vịt gây ra rất nhiều thiệt hại. Con người vô tình giết chết cá heo khi đánh bắt cá, đặc biệt là khi sử dụng túi lưới để câu cá ngừ. Ở một số địa điểm, con người săn bắt và giết cá heo bằng sào để làm thức ăn, mặc dù thịt có hàm lượng thủy ngân cao và đe dọa sức khỏe người ăn.
Vì sự phản đối kịch liệt của người tiêu dùng đối với việc cá heo bị giết khi đánh lưới cá ngừ, một số công ty đã dán nhãn cá ngừ đóng hộp mà họ sản xuất là không chứa cá heo. Theo Wikipedia, trong khi những nỗ lực đã làm giảm 50% số lượng cá heo bị giết khi câu cá ngừ, nhưng cá heo vẫn chết theo cách này, theo Wikipedia.
