Vấn đề chính liên quan đến du lịch sinh thái là thực tế là khi có nhiều người đến thăm một hệ sinh thái mỏng manh, thì khả năng bị thiệt hại đối với hệ sinh thái đó sẽ tăng lên. Ngoài ra, du lịch sinh thái có thể làm biến dạng nền kinh tế địa phương, gây ra lạm phát lớn tại địa phương và khiến người dân bản địa từ bỏ sinh kế truyền thống để chuyển sang làm việc trong ngành dịch vụ.
Du lịch sinh thái có thể là một công cụ có giá trị trong việc bảo tồn các loài thực vật và động vật có nguy cơ tuyệt chủng. Sự chú ý trên toàn thế giới do du lịch sinh thái mang lại có thể nâng cao nhận thức về các loài đang trên bờ vực, và du khách có thể mang lại nguồn vốn rất cần thiết cho các chương trình bảo tồn. Tuy nhiên, khi đô la du lịch tăng lên, mối đe dọa đối với môi trường cũng tăng theo.
Số lượng khách truy cập quá lớn có thể gây ra các vấn đề về cạn kiệt tài nguyên và ô nhiễm. Sự cần thiết phải tạo ra những con đường mòn và tiện nghi cho du khách có thể làm hỏng môi trường sống và xua đuổi động vật ra khỏi nhà của họ. Hướng dẫn viên không được cấp phép hoặc được đào tạo kém có thể đưa du khách vào các khu vực mỏng manh mà không quan tâm đến động vật hoang dã, làm tăng nguy cơ bị tổn hại. Trong một số trường hợp, các loài ở tâm điểm thu hút du lịch sinh thái có thể trở thành mục tiêu trộm cắp và buôn lậu, cung cấp vật nuôi ở chợ đen cho những người nước ngoài giàu có.
Du lịch sinh thái cũng có thể có tác động tiêu cực đến nền kinh tế địa phương. Các công ty cung cấp dịch vụ du lịch có thể cung cấp việc làm tốt hơn so với các nghề truyền thống trong cộng đồng, làm mất đi các dịch vụ của thị trấn và làng mạc mà họ có thể cần. Ở các khu vực nguyên thủy, điều này có thể làm biến dạng nền kinh tế địa phương đến mức các cộng đồng có thể không thể tồn tại nếu không có dòng tiền và nguồn lực liên tục.
