Các loài thực vật, động vật hoang dã và hệ sinh thái tổng thể của Sa mạc Sahara đang bị đe dọa bởi các hoạt động của con người, chẳng hạn như chăn nuôi gia súc quá mức, nhu cầu ngày càng tăng về củi, phát triển thủy lợi và săn bắt thực phẩm và thể thao. Các khu vực của Sahara đối mặt với các mối đe dọa và suy thoái môi trường lớn nhất là gần các nguồn nước vĩnh viễn hoặc các ốc đảo.
Khả năng tồn tại của đời sống thực vật gần các ốc đảo đang bị đe dọa do số lượng động vật trong nước cao ăn cỏ trên lượng thảm thực vật không đủ. Ngoài ra, người dân địa phương cũng loại bỏ thực vật để làm củi đốt, loại cây này sẽ được sử dụng nhanh hơn 30% so với sản lượng có thể sản xuất. Những người sống ở các thị trấn và thành phố kiếm củi cách xa nhà họ 300 km. Ngoài ra, sự phát triển của nước tưới đã dẫn đến lượng muối trong đất cao do các vấn đề thoát nước.
Sự suy thoái của đời sống thực vật dẫn đến sự gia tăng bụi trong không khí và giảm lượng mưa. Hơn nữa, các quần thể động vật đã thích nghi với môi trường sống trên sa mạc, chẳng hạn như linh dương, đã bị suy giảm đáng kể do bị săn bắn để làm thức ăn và thể thao.
Sa mạc Sahara, còn được gọi là Đại sa mạc, phần lớn là hoang sơ và không có dân cư. Đây là sa mạc nóng lớn nhất thế giới và chiếm khoảng 10% diện tích lục địa Châu Phi. Thực vật lâu năm tồn tại ở Sahara có thể tạo ra sự ổn định về môi trường và là thức ăn cho cả con người và động vật. Quả, hạt và lá của những cây này cung cấp dinh dưỡng, lớp phủ thực vật và là nguồn cung cấp củi. Các khu vực canh tác cây lâu năm cũng có thể bảo vệ các loài có nguy cơ tuyệt chủng.