Sa mạc Sahara bao gồm phần lớn các quốc gia châu Phi như Algeria, Chad, Ai Cập, Libya, Mali, Mauritania, Morocco, Niger, Tây Sahara, Sudan và Tunisia. Sa mạc có diện tích hơn 3,6 triệu dặm vuông, bao phủ khoảng một phần tư lục địa châu Phi.
Sa mạc Sahara được chia thành các vùng địa lý nhỏ hơn, chẳng hạn như sa mạc Libya, sa mạc Ténéré, phía tây Sahara, dãy núi Ahaggar, dãy núi Tibesti và dãy núi Aïr. Độ cao cao nhất của sa mạc nằm ở phía bắc Dãy núi Tibesti của Chad. Đỉnh có tên là Emi Koussi, và nó có độ cao 11,204 feet so với mực nước biển.
Sahara có phía đông giáp Biển Đỏ và phía tây giáp Địa Trung Hải và Đại Tây Dương. Phía nam giáp với một vùng cỏ được gọi là Sahel là một phần của Sudan và thung lũng sông Niger. Một phần của Sahara được gọi là sa mạc Nubian nằm ở phía đông bắc của Sudan, giới hạn bởi Biển Đỏ và sông Nile. Một vùng khác của sa mạc được gọi là Tanezrouft nằm dọc theo biên giới của Mali, Niger và Algeria, ngay phía tây của dãy núi Hoggar. Sa mạc phía Đông nằm ở các vùng của Ai Cập, Sudan và Ethiopia.