Các nhà sử học không chắc cha mẹ của Juan Ponce de Leon là ai, nhưng họ tin rằng ông có quan hệ họ hàng với Rodrigo Ponce de Leon, Hầu tước của Cadiz. Ngay cả năm sinh chính xác của ông cũng bị tranh cãi. ban đầu được cho là sinh năm 1460, trong khi các bằng chứng khác cho thấy ông sinh năm 1474.
Ponce de Leon cũng được cho là có liên quan đến gia đình Nunez de Guzman. Trong những năm đầu tiên của mình, ông làm việc như một cận vệ cho Pedro Nunez de Guzman, người là Chỉ huy Hiệp sĩ của Order of Calatrava. Theo nhà sử học Tây Ban Nha Gonzalo Fernandez de Oviedo y Valdes, Ponce de Leon đã trở thành một người lính giàu kinh nghiệm trong những năm đầu của mình khi giúp đánh bại quân Moors ở Granada.
