Người được ghi nhận là người đầu tiên phát hiện ra vi khuẩn là nhà thương mại và nhà khoa học người Hà Lan Antony van Leeuwenhoek. Ông đã cải tiến đáng kể kính hiển vi, phát hiện ra động vật nguyên sinh (mà ông gọi là phân tử) và đặt nền móng cho vi sinh vật học.
Antony van Leeuwenhoek, sinh năm 1632, đã thách thức những khám phá của mình, vì ông tương đối chưa được đào tạo về khoa học. Mặc dù không được học hành bài bản, ông là người đầu tiên quan sát và ghi chép các sinh vật đơn bào, vi khuẩn, sợi cơ và tinh trùng. Nhờ công việc của anh ấy, các nhà khoa học khác đã xây dựng nền tảng của anh ấy, đóng góp rất nhiều vào lĩnh vực y học hiện đại và sinh học.