Quyền tự chủ của bệnh nhân là quyền cơ bản nhất của mọi cá nhân và là một ví dụ về tình huống khó xử về đạo đức y tế. Quyền tự chủ có nghĩa là "tự trị" và bao gồm quyền của một cá nhân được đưa ra các lựa chọn có thể đi ngược lại lời khuyên điều trị của bác sĩ liên quan đến việc điều trị hoặc không điều trị đối với một vấn đề sức khỏe hiện có.
Một ví dụ là trường hợp của một phụ nữ được chẩn đoán mắc chứng phình động mạch chủ bụng, một khối phồng trong thành của động mạch chủ, có thể khiến cô ấy tử vong nếu nó vỡ ra. Các bác sĩ khuyên một phương pháp phẫu thuật ngay lập tức sẽ yêu cầu rạch một đường nhỏ. Tuy nhiên, người phụ nữ này là một vũ công kỳ lạ và lo sợ rằng một vết sẹo sẽ ảnh hưởng tiêu cực đến phương tiện kiếm sống của cô. Khi cô từ chối đồng ý phẫu thuật, những người có thẩm quyền khẳng định rằng nguy cơ đe dọa tính mạng là không thể thương lượng. Tuyên bố rằng người phụ nữ đang không ở trong tâm trí của mình, các bác sĩ phẫu thuật yêu cầu cô phải gây mê. Họ tiến hành phẫu thuật và sửa chữa thành công túi phình. Kết quả là bệnh nhân đâm đơn kiện bệnh viện đòi hàng triệu đô la. Các vấn đề về quyền tự chủ của bệnh nhân thường là thước đo đạo đức khó khăn đối với các quản trị viên chăm sóc sức khỏe, những người phải cân nhắc các yếu tố kinh tế và nguồn tài chính cạn kiệt khi đưa ra các quyết định liên quan đến chăm sóc bệnh nhân.