Theo American Catholic, nhiều phép lạ được cho là do Thánh Phanxicô Assisi, hầu hết đều liên quan đến khả năng giao tiếp với động vật và ảnh hưởng đến thiên nhiên của ngài. Cũng có những câu chuyện về khả năng của ngài. chữa lành người và động vật bằng một cái chạm. Những câu chuyện về sự chữa lành này vẫn tồn tại sau khi Phanxicô qua đời khi những người hành hương đến các địa điểm chứa thánh tích của ngài cũng được chữa lành.
Một trong những phép lạ nổi tiếng nhất được cho là của Thánh Phanxicô thành Assisi là khả năng thuyết giảng cho các loài chim và các loài động vật hoang dã khác. Trong một lần, anh ta đến gần một đàn chim lớn không bay đi khi anh ta đến gần, mà là kiên nhẫn chờ đợi anh ta. Thánh Phanxicô thành Assisi đã giảng một bài giảng cho các loài chim, tất cả chúng bắt đầu hót khi ngài nói xong. Trong một lần khác, Đức Phanxicô đã trấn an một con sói đang giết hại gia súc để nó không bao giờ làm phiền mọi người nữa.
Thánh Phanxicô Assisi cũng làm phép lạ cho con người. Một số phép lạ của ông liên quan đến việc chữa khỏi cho những người mắc các bệnh về thể chất và tinh thần. Anh cũng thuyết phục nhiều tội phạm ăn năn tội và hòa giải với nhà thờ, trong đó có một trường hợp anh thuyết phục ba tên cướp đã đánh cắp của anh trả lại những gì chúng đã lấy và gia nhập dòng tu Phanxicô.
