Thằn lằn ngủ đông trong những khoảng thời gian lạnh giá trong năm, làm nhà của chúng trong thân cây, đá và bất cứ nơi nào chúng có thể tìm thấy nơi trú ẩn. Thằn lằn là sinh vật máu lạnh không có khả năng sưởi ấm bên trong, vì vậy chúng phải dựa vào nhiệt từ các nguồn bên ngoài. Khi mùa đông đến, chúng buộc phải ngủ đông.
Thằn lằn thường ngủ đông một mình, nhưng một số loài đã được quan sát thấy ở chế độ ngủ đông theo nhóm. Nhu cầu về thức ăn bị giảm hoặc thậm chí bị loại bỏ ở một số loài trong thời kỳ ngủ đông.
Một số thằn lằn chuyển sang trạng thái tuyệt thực thay vì ngủ đông. Những con thằn lằn sống ở những khu vực khô, nóng trên thế giới, chẳng hạn như sa mạc khô cằn, xảy ra hiện tượng thằn lằn phải đào hang để thoát khỏi nhiệt độ khắc nghiệt.