Có nhiều giả thuyết liên quan đến lý do tại sao người Anasazi biến mất, nhưng không có bằng chứng chắc chắn nào đưa ra một lý do cụ thể. Trước đây người ta nghi ngờ rằng hạn hán vào cuối những năm 1200 đã khiến họ phải rời khỏi ngôi nhà lâu năm của mình , nhưng nhiều khám phá hơn đã cho thấy rằng chỉ riêng điều này sẽ không đủ để đánh bật họ.
Ý tưởng rằng những người này hoàn toàn biến mất cũng là một sự nhầm lẫn. Người da đỏ Pueblo ngày nay là hậu duệ trực tiếp của chủng tộc người này, vì vậy họ không bao giờ thực sự biến mất. Bằng chứng cho thấy người Anasazi có thể đã chọn rời đi do bị sa lầy trong khu vực quá lâu và đất đai đã bị sử dụng hết mức.
