Sự khác biệt chính giữa san hô cứng và mềm là san hô cứng tạo ra canxi cacbon tạo ra cấu trúc xương và san hô mềm không tạo ra canxi cacbon, vì vậy cấu trúc xương không tồn tại. San hô mềm trông giống như thảm thực vật đại dương, nhưng nó là san hô và sống trong các rạn san hô cứng.
San hô cứng là san hô chịu trách nhiệm tạo ra và xây dựng các rạn san hô. Khi các cấu trúc bộ xương chết đi, san hô sống phát triển trên đầu các bộ xương cũ. Có những loài san hô cứng ở biển sâu không đóng góp vào rạn san hô nhưng tạo ra những đàn san hô nhỏ của riêng chúng.San hô mềm trông giống như cái cây, cái quạt hoặc những nhánh cây chảy. Mặc dù san hô mềm không tạo ra rạn san hô, nhưng nó có thể tự phát triển quần thể san hô mềm gồm cỏ và cây.
