Sự khác biệt cơ bản giữa ninja và samurai là ninja có kỹ năng về nhẫn thuật và samurai thực hành võ thuật. Ninjutsu là nghệ thuật tàng hình và phá hoại được phát triển cho hoạt động gián điệp. Bushido là một quy tắc về danh dự và đạo đức.
Văn hóa dân gian Nhật Bản cho rằng ninja là hậu duệ của một con quỷ. Các học giả tin rằng ninjutsu đã phát triển vào khoảng thế kỷ thứ sáu đối lập với các samurai thời phong kiến. Ninjutsu là sự pha trộn giữa các chiến thuật Đông Dương và Nhật Bản được phát triển bởi một samurai bị tố giác và một nhà sư Trung Quốc. Nhẫn thuật bỏ qua mã bushido và hành động bí mật có giá trị.
Các chiến binh samurai thời kỳ đầu đã hỗ trợ những chủ sở hữu tài sản giàu có của Nhật Bản thời phong kiến. Vào thế kỷ 12, các samurai đã giành được quyền kiểm soát quân sự và chính trị. Sau Chiến tranh Gempei năm 1185, các samurai thành lập Mạc phủ Kamakura như một chế độ độc tài quân sự. Chế độ độc tài kéo dài đến thế kỷ 19.
Các ninja có thể đến từ tầng lớp trên với tư cách là samurai bị thất sủng hoặc từ tầng lớp thấp hơn là con trai của nông dân hoặc dân làng. Ninja xếp hạng từ ninja bình thường hoặc genin, đến trung gian, hoặc chunin, đến cao nhân hoặc jonin.
Sự suy tàn của các samurai xảy ra sau khi văn hóa phương Tây du nhập vào Nhật Bản vào giữa thế kỷ 19. Cơ quan lập pháp Nhật Bản đã bãi bỏ chế độ phong kiến vào năm 1871, nhưng bộ luật bushido đã thể hiện rõ nét trong văn hóa Nhật Bản qua Thế chiến thứ hai.
