Sông Missouri bắt đầu gần Three Forks, Montana và chảy cho đến khi hợp lưu với sông Mississippi gần St. Louis, Missouri. Sông Missouri trải dài trên 2,341 dặm.
Nước của sông Missouri bắt nguồn từ nơi hội tụ của các sông Jefferson, Madison và Gallatin. Dòng sông rất dễ bị lũ lụt khi khu vực này lần đầu tiên được những người định cư châu Âu đến định cư. Những trận lũ này là một phần quan trọng của hệ sinh thái trong khu vực. Ngày nay, sông bị bồi tụ bởi 15 con đập dọc theo tuyến đường chính của nó, và các con đập đã làm thay đổi lũ lụt và tuyến đường của sông. Khu vực được gọi là Thung lũng Missouri hiện nay rất đông dân cư và không còn lũ lụt như trước đây, nhưng những hành động này đã ảnh hưởng đến chất lượng nước và gây thiệt hại nặng nề cho cá và động vật hoang dã.
