Mặc dù silicon nguyên tố là trơ và không nguy hiểm, nhưng một số dạng đã qua xử lý của nguyên tố có thể gây ra những ảnh hưởng tiêu cực đến sức khỏe. Tinh thể silicon gây kích ứng mắt và gây viêm da khi tiếp xúc, đồng thời việc hít phải chất này sẽ làm trầm trọng thêm màng nhầy của hệ hô hấp.
Các nghiên cứu cho thấy rằng việc tiếp xúc thường xuyên trong nghề nghiệp với silicon và silica tinh thể dẫn đến ung thư phổi, viêm phế quản, rối loạn tắc nghẽn phổi mãn tính và khí phế thũng. Ngoài ra, tiếp xúc với silica có liên quan đến các rối loạn tự miễn dịch và thận cũng như gia tăng các bệnh nhiễm trùng do vi khuẩn mycobacteria. Nhiều vai trò nghề nghiệp có nguy cơ tiếp xúc với silicon thường xuyên bao gồm thợ mỏ, công nhân làm gốm, thợ làm gạch và những người khác làm việc trong các ngành công nghiệp dựa trên khoáng sản.
