Patagonia nằm ở cuối phía nam của Nam Mỹ trong một khu vực được tạo thành từ đất liền của Chile và Argentina. Đây là một khu vực rất đa dạng về địa lý, bao gồm hai đường bờ biển, phần phía nam của dãy núi Andes, sa mạc, thảo nguyên và đồng cỏ.
Rìa phía bắc của Patagonia được đánh dấu bởi các sông Colorado và Barrancas, cả hai đều chảy từ dãy núi Andes dọc theo bờ biển Thái Bình Dương đến Đại Tây Dương ở phía đông. Patagonia kéo dài về phía nam đến eo biển Magellan, nơi đánh dấu mũi phía nam của lục địa Nam Mỹ. Tổng diện tích của Patagonia chỉ hơn 1 triệu km vuông.