Nhược điểm chính của ổ đĩa flash USB là chu kỳ ghi và xóa hạn chế. Một ổ đĩa chỉ có thể được ghi và xóa khoảng 100.000 lần. Mặc dù điều này có thể không ảnh hưởng nhiều đến người dùng bình thường, nhưng điều này sẽ là một vấn đề cần cân nhắc đối với những người dùng có ý định sử dụng ổ USB để chạy hệ điều hành hoặc phần mềm ứng dụng.
Ổ đĩa ngón tay cái được thiết kế nhỏ gọn và di động, nhưng kích thước nhỏ của chúng khiến chúng dễ thất lạc và mất hơn. Để khắc phục tình trạng này, một số nhà sản xuất thiết kế ổ đĩa flash theo cách để chúng có thể được gắn vào dây buộc, vòng cổ và móc chìa khóa. Ổ đĩa flash nổi tiếng với việc lây lan vi-rút máy tính. Nếu ổ USB thiếu cơ chế chống ghi, ổ USB sẽ bị nhiễm ngay lập tức khi một máy tính bị nhiễm vi-rút được sử dụng để truy cập nội dung của nó.
Giá mỗi đơn vị dung lượng lưu trữ của ổ flash USB cao hơn so với giá của ổ cứng gắn ngoài. Chúng cũng có dung lượng nhỏ hơn. Ổ đĩa flash có thể có dung lượng lưu trữ lên đến 128 GB trong khi ổ đĩa cứng ngoài có thể có dung lượng lưu trữ lên đến 2 TB. Bộ nhớ flash rất dễ bị nhiễm tĩnh điện và ngay cả một lần tích điện nhỏ nhất cũng có thể dẫn đến mất dữ liệu và hư hỏng không thể phục hồi. Chất lượng quy đổi chính của ổ đĩa flash là chúng có thể di động và thuận tiện.
