Theo FindLaw Vương quốc Anh, các mối đe dọa chính đối với thương mại điện tử có thể được nhóm thành hai loại, mối đe dọa độc hại và tình cờ. Một số mối đe dọa độc hại bao gồm tin tặc cố gắng xâm nhập hệ thống và đánh cắp dữ liệu nhạy cảm, kẻ trộm đánh cắp máy tính xách tay có dữ liệu nhạy cảm trên đó và những kẻ mạo danh giả dạng người dùng hợp pháp và sau đó sao chép thông tin trang web. Một mối đe dọa khác liên quan đến việc những kẻ tấn công xâm nhập một trang web thương mại điện tử để lấy cắp thông tin thẻ thanh toán.
Theo Dell SecureWorks, các mối đe dọa bảo mật thương mại điện tử khác nhau, từ hành vi trộm cắp tài sản trí tuệ và gián đoạn kinh doanh cho đến thiệt hại về thương hiệu và hình ảnh. Tin tặc cố gắng xâm nhập hệ thống và mạng thương mại điện tử để lấy cắp thông tin độc quyền về sản phẩm và quy trình sản xuất. Sau đó, họ bán thông tin này cho bọn tội phạm mạng, chính phủ và đối thủ cạnh tranh, hoặc họ sử dụng thông tin trực tiếp. Cốt lõi của các mối đe dọa thương mại điện tử trực tiếp ảnh hưởng đến máy chủ, máy chủ có thể bị tấn công bằng mã độc khi mã lập trình độc hại được đưa vào máy chủ để truy cập vào tài nguyên hệ thống.
Ví dụ về các cuộc tấn công bằng mã độc hại bao gồm vi rút, sâu, ngựa Trojan và bom logic. Có một số cách để bảo mật các trang web và giao dịch, chẳng hạn như thông qua các khối xây dựng tiền điện tử bao gồm mã hóa bằng cách sử dụng các hệ thống khóa dựa trên đối xứng và bất đối xứng. Quản lý khóa là rất quan trọng và đôi khi đơn giản hơn có thể tốt hơn.
