Khả năng tiếp cận công nghệ chất lượng hạn chế, trình độ tin học kém, cô lập xã hội và nhu cầu tự kỷ luật là tất cả những bất lợi hoặc vấn đề tiềm ẩn với môi trường học tập ảo. Vì các khóa học trực tuyến được thúc đẩy bởi công nghệ máy tính và Internet một người không có những khả năng này sẽ gặp khó khăn trong việc học tập hiệu quả.
Mặc dù lập lịch trình linh hoạt là lợi ích chính của việc học trực tuyến, nhưng một số người không có khả năng tự lập lịch và điều chỉnh hiệu suất là những bất lợi đối với một số người. Học sinh thiếu động lực và kỷ luật tự giác thường gặp nhiều khó khăn trong môi trường học tập ảo hơn là trong lớp học truyền thống. Không có giáo viên và đồng nghiệp nào có thể đưa ra những lời nhắc nhở thường xuyên về bài tập, dự án và bài kiểm tra. Học sinh phải tự điều chỉnh và dành nhiều thời gian để hoàn thành các hoạt động trong lớp và bài tập ngoài giờ lên lớp.
Sự tương tác hạn chế của giảng viên và sự cô lập khỏi một nhóm học tập cũng là những nhược điểm. Người hướng dẫn thường cố gắng giao tiếp qua email hoặc công cụ học tập ảo. Tuy nhiên, việc đảm bảo nghe và hiểu từ xa sẽ khó hơn. Ngoài ra, việc tương tác và phản hồi thông qua các công cụ ảo sẽ mất nhiều thời gian hơn so với trao đổi trực tiếp truyền thống. Sự cô lập với xã hội có thể là thách thức đối với những học sinh phát triển mạnh về tương tác hàng ngày với bạn bè cùng trang lứa và sự thoải mái thân mật đi kèm với khung cảnh lớp học truyền thống.
