Nhược điểm chính của các gói tích hợp là chúng kém mạnh mẽ hơn so với các ứng dụng độc lập. Chúng thường có ít tính năng hơn so với các ứng dụng gói dành cho mục đích chung.
Vì tất cả các ứng dụng trong gói được tải từ một lần khởi chạy, tất cả chúng sẽ được tải đồng thời vào bộ nhớ, ngay cả khi tác vụ đang được thực hiện đơn giản và không đòi hỏi nhiều sức mạnh tính toán.
Bất chấp những thiếu sót của chúng, các gói tích hợp thường rẻ hơn các chương trình riêng biệt. Tất cả các ứng dụng trong một gói phần mềm tích hợp thường có giao diện người dùng đồ họa giống nhau, điều này giúp việc chuyển đổi giữa các ứng dụng trở nên liền mạch và đơn giản.
