Một lớp sinh vật biển thuộc họ nhuyễn thể, được gọi là hai mảnh vỏ, là nguồn cung cấp ngọc trai. Nhóm động vật biển này bao gồm trai, trai và hàu. Mọi loài hai mảnh vỏ đều có khả năng tạo ra ngọc trai.
Ngọc trai hình thành bên trong một số loài nhuyễn thể như một cơ chế bảo vệ. Ví dụ, khi một vật thể lạ bị mắc kẹt bên trong hàu, hàu sẽ phản ứng bằng cách phủ lên vật thể đó bằng hai loại protein. Lớp protein này làm cho vật thể ít gây đau đớn hơn cho sinh vật. Theo thời gian, con hàu bao phủ vật thể bằng nhiều lớp protein khác, và sự xếp lớp liên tiếp này cuối cùng tạo ra một viên ngọc trai.
