Hệ thống tuần hoàn của chuột chịu trách nhiệm lưu thông máu qua cơ thể và các cơ quan. Tuần hoàn phổi đề cập đến quá trình cung cấp oxy cho cơ thể, trong khi tuần hoàn toàn thân đề cập đến sự di chuyển của máu trong cơ thể để nuôi dưỡng. Chức năng và cấu trúc chung của hệ tuần hoàn của chuột hầu như giống với hệ tuần hoàn của con người.
Hệ thống tuần hoàn có ba vai trò chính trong cơ thể: bài tiết, hô hấp và dinh dưỡng. Bài tiết là sự vận chuyển các chất thải đến thận, hô hấp là sự vận chuyển khí cacbonic từ các mô đến các cơ quan hô hấp diễn ra sau quá trình vận chuyển oxy từ các bề mặt hô hấp đến các mô, và dinh dưỡng là sự vận chuyển của chất dinh dưỡng từ kênh nuôi dưỡng đến các mô.Trái tim của chuột bao gồm hai máy bơm riêng biệt nằm cùng nhau trong cùng một cơ quan. Bên trái lấy máu có oxy từ phổi và đưa nó đến cơ thể. Nửa bên phải của trái tim lấy máu đã khử oxy từ cơ thể và bơm nó đến phổi. Về cơ bản, hệ thống tuần hoàn chịu trách nhiệm thống nhất cơ thể và tạo ra một mạng lưới tương tác từ cơ quan này sang cơ quan khác trong cơ thể chuột.