Ảnh hưởng của mưa axit đối với sự phát triển của thực vật khác nhau tùy thuộc vào đất địa phương và các yếu tố khác, nhưng nói chung là tiêu cực, ức chế sự phát triển của thực vật hoặc thậm chí giết chết các cây hiện có. Quy mô ảnh hưởng của axit mưa phụ thuộc cả vào lượng mưa và sự hiện diện của các thành phần đệm trong đất.
Mưa axit thường không giết chết cây trực tiếp, mặc dù nó làm yếu lá của nhiều loại cây. Thay vào đó, nó có xu hướng ảnh hưởng đến thực vật bằng cách hạn chế chất dinh dưỡng mà chúng nhận được hoặc giải phóng chất độc từ đất. Chỉ riêng những yếu tố này đã khiến cây phát triển chậm hơn, nhưng nếu kết hợp với các áp lực môi trường khác, nó có thể dẫn đến chết. Các khu rừng bị mưa axit đã được quan sát thấy có hiện tượng hóa nâu và rụng lá sớm. Toàn bộ các khu rừng bị mất đi do mưa axit là một yếu tố góp phần.
Mưa axit có khả năng phân giải một số chất dinh dưỡng trong đất lớn hơn mưa bình thường, vì vậy nó có thể dễ dàng rửa trôi các chất dinh dưỡng này ra khỏi đất. Đồng thời, chúng cũng có thể phân giải các chất độc hại, chẳng hạn như nhôm, và khiến rễ cây tiếp xúc với chúng. Một số loại đất có các hạt đá vôi hoặc các chất khác có tác dụng trung hòa độ chua của mưa. Ngay cả trong một số trường hợp này, lượng lớn mưa axit hoặc sương mù axit có thể vượt qua các biện pháp bảo vệ.
