Một số loại vi khuẩn nhất định có thể gây ra các bệnh, chẳng hạn như sốt thương hàn, bệnh giang mai, bệnh tả, bệnh lao và các bệnh do thực phẩm gây ra. Thuốc kháng sinh được sử dụng để tiêu diệt vi khuẩn có hại và các bệnh do chúng gây ra.
Vi khuẩn là những sinh vật cực nhỏ sống tự nhiên bên trong cơ thể con người. Chúng hỗ trợ những thứ như tiêu hóa và cần thiết cho các chức năng cơ thể khỏe mạnh. Tuy nhiên, không phải vi khuẩn nào cũng có lợi và một trong những vấn đề phổ biến nhất do vi khuẩn có hại gây ra là bệnh do thực phẩm.Tại Hoa Kỳ, các bệnh do thực phẩm, hầu hết là do vi khuẩn có hại gây ra, ảnh hưởng đến khoảng 48 triệu người hàng năm. Điều này thường là do xử lý thực phẩm không đúng cách, nhưng vi khuẩn có hại có thể được tìm thấy trong bất kỳ giai đoạn sản xuất thực phẩm nào từ thu hoạch hoặc giết mổ cho đến bảo quản thực phẩm trong nhà.
Các bệnh do thực phẩm thường nhẹ và tự khỏi sau vài ngày. Tuy nhiên, một số bệnh do vi khuẩn gây ra còn nghiêm trọng hơn nhiều. Ví dụ, bệnh than là một căn bệnh nghiêm trọng có thể ảnh hưởng đến những người tiếp xúc với vi khuẩn có tên là Bacillus anthracis. Bệnh lao rất phổ biến, nhưng có thể gây chết người. Bệnh do vi khuẩn Mycobacterium tuberculosis gây ra, lây lan qua không khí. Viêm nốt ruồi cũng do vi khuẩn gây ra và nguyên nhân là vi khuẩn Neisseria meningitidis.
