Cuộc xâm lược Vịnh Con Lợn khiến Hoa Kỳ xấu hổ, thúc đẩy mối quan hệ giữa Tổng thống Kennedy và các cơ quan tình báo của ông và củng cố mối quan hệ giữa Liên Xô và Cuba. Sau đó, Hoa Kỳ chuyển sang Nhiều phương pháp bí mật hơn để cố gắng hạ bệ Fidel Castro, trong khi Liên Xô bắt đầu gửi tiếp tế và vũ khí đến Cuba để ngăn chặn một cuộc xâm lược khác. Điều này cuối cùng đã dẫn đến Cuộc khủng hoảng tên lửa Cuba vào năm 1962.
Về thương vong, cuộc xâm lược Vịnh Con Lợn về cơ bản là một kết quả hòa. Lực lượng Cuba thiệt mạng 176 người, ít nhất 500 người bị thương và khoảng 4.000 người mất tích. CIA và các lực lượng người nước ngoài thiệt mạng 118 người, 360 người bị thương và 1.202 người bị bắt. Một số tù nhân mà Cuba bắt sau đó đã bị hành quyết. Cuối cùng, Cuba đã trao đổi 1.113 tù nhân để lấy khoảng 53 triệu USD viện trợ kinh tế. Castro cũng để khoảng 1.000 người thân của những người nước ngoài rời Cuba để cùng các thành viên gia đình họ đến Hoa Kỳ.
Việc xây dựng lực lượng tên lửa ở Cuba sau Vịnh Con Heo đã gây ra mối bất hòa giữa Hoa Kỳ và Liên Xô vào tháng 10 năm 1962. Hoa Kỳ phát hiện ra tên lửa đạn đạo tầm trung ở đảo quốc này và yêu cầu loại bỏ chúng. Sau những lời lẽ ngoại giao sôi nổi từ cả hai bên và cuộc phong tỏa hải quân đối với Cuba, Liên Xô đã đồng ý dỡ bỏ tên lửa để đổi lấy việc tháo dỡ tên lửa của Mỹ ở Thổ Nhĩ Kỳ và hứa sẽ không bao giờ có ý định xâm lược Cuba nữa.
