Do địa hình và hệ sinh thái đa dạng, Peru là nơi sinh sống của 500 loài động vật có vú, bao gồm pumas, báo đốm, gấu cảnh, khỉ lông vàng đuôi vàng, lạc đà không bướu, alpacas và Vicunas. Ngoài ra đối với động vật có vú, Peru có 1800 loài chim và 300 loài bò sát.
Trong số 500 loài động vật có vú ở Peru, 70 loài là loài đặc hữu và gần 100 loài đang bị đe dọa hoặc có nguy cơ tuyệt chủng. Trong số các loài đặc hữu quý hiếm có báo đốm, gấu cảnh và khỉ lông vàng đuôi vàng.
Rừng mưa của Peru là một phần của rừng mưa Amazon, là nơi sinh sống của nhiều loài chim, bò sát và động vật có vú quý hiếm không tìm thấy ở bất kỳ nơi nào khác. Trên bờ biển Thái Bình Dương của Peru, nhiều loài đã thích nghi để sống trong khí hậu sa mạc khô hạn. Các vùng nước ven biển Thái Bình Dương hỗ trợ nhiều loài cá và chim biển, bao gồm cả chim cánh cụt Humboldt. Peru cũng được biết đến với những ngọn núi của nó. Những ngọn núi này hỗ trợ sự phát triển của nhiều loại cỏ và thực vật dùng làm thức ăn cho lạc đà không bướu, alpacas và vicunas. Động vật có vú sống ở Peru đã thích nghi với việc sống ở độ cao lớn.
Năm 2007, các nhà khoa học đã phát hiện ra một loài gặm nhấm rừng mây mới ở Peru. Nó có quan hệ họ hàng gần với loài chuột gai. Tính đến năm 2014, các nhà khoa học tiếp tục phát hiện ra các loài mới trong hệ sinh thái đa dạng của Peru.
