Cốt truyện có trong một truyện ngắn là lý do tại sao các nhân vật trong truyện ngắn làm những việc mà họ làm. Đó là một chuỗi các sự kiện ngẫu nhiên xảy ra có thể trả lời các câu hỏi về lý do tại sao các nhân vật đưa ra quyết định và thực hiện các hành động thể chất của họ.
Văn bản và kể chuyện xoay quanh các chi tiết của một câu chuyện. Thay vì chỉ đơn giản viết các sự kiện của một câu chuyện, một nhà văn phải làm việc để làm cho các sự kiện xảy ra theo cách có ý nghĩa theo cách các nhân vật hoạt động. Ví dụ, một câu chuyện chỉ đơn giản nói rằng một người lớn tuổi chết và vợ anh ta chết sau đó 30 phút thì không phải là một câu chuyện có thật. Một câu chuyện kể rằng một người đàn ông lớn tuổi qua đời và người vợ của anh ta sớm chết vì đau buồn đưa ra câu trả lời cho lý do đằng sau cái chết của người vợ. Cách tổ chức cốt truyện phụ thuộc vào loại truyện ngắn được viết. Nhà văn có thể chọn cách dàn dựng tình tiết ở đầu truyện, giúp người đọc có cái nhìn sâu sắc về cuộc đời của các nhân vật trong suốt câu chuyện. Các tác giả truyện bí ẩn thường chọn bỏ đi các tình tiết cụ thể của cốt truyện cho đến cuối hoặc giữa truyện để giúp người đọc dễ đoán và giữ bí ẩn của câu chuyện.