Tính đến tháng 1 năm 2015, có khoảng 2.000 con khỉ nhện Yucatan còn lại trong tự nhiên trên Bán đảo Yucatan. Ước tính chỉ còn khoảng 300 đến 400 con khỉ nhện lông cừu trên thế giới.
Đây là hai trong số chín loài khỉ nhện được Liên minh Bảo tồn Thiên nhiên Quốc tế (IUCN) liệt kê.
Khỉ đốm hoặc nhện nâu (Ateles hybridus) nằm trong danh sách 25 loài linh trưởng nguy cấp nhất thế giới, 2008-2010 của IUCN. Tính đến năm 2015, IUCN đã liệt kê ba loài khỉ nhện là cực kỳ nguy cấp, năm loài nguy cấp và một loài dễ bị tổn thương.
Loài khỉ nhện đang bị đe dọa chủ yếu do mất môi trường sống do canh tác và khai thác gỗ, vì chúng phụ thuộc vào diện tích rừng rộng lớn để sinh tồn. Chúng cũng bị săn bắt để làm nguồn thức ăn cho con người.
