Ở cấp độ cá thể, động vật lai đôi khi gặp các vấn đề về sinh sản, sức khỏe hoặc hành vi do di truyền của chúng. Về mặt sinh thái, động vật lai làm mờ ranh giới của các loài và đặt ra các vấn đề đối với việc bảo tồn.
Con lai là con của bố mẹ từ hai loài hoặc phân loài khác biệt. Nhiều loài, vì sự khác biệt về di truyền hoặc hành vi, không hoặc không thể giao phối với nhau để tạo ra con cái có thể sống được. Tuy nhiên, trong một số trường hợp, hai loài đủ giống nhau về mặt di truyền để tạo ra con lai. Một số con lai, như con la, là vô sinh. Những con la là kết quả của sự lai tạo giữa một con ngựa cái và một con lừa đực. Mặc dù bản thân con la có thể đạt đến tuổi trưởng thành khỏe mạnh, nhưng nó thường không có khả năng tự sản xuất giao tử và không sinh sản.
Sư tử cái là con lai giữa hổ cái và sư tử đực, và nó thường lớn hơn cả bố và mẹ. Ligers dễ gặp các vấn đề sức khỏe và dị tật bẩm sinh, và nhiều người không sống sót đến tuổi trưởng thành. Con hổ cái đẻ ra đàn con lai cũng khó; kích thước lớn của chúng có thể đòi hỏi người mẹ phải sinh mổ.
Động vật lai cũng có thể biểu hiện những hành vi không thể đoán trước. Một ví dụ nổi tiếng là lai giữa chó sói và chó lai. Rất ít bài báo được đánh giá ngang hàng đã được viết về chủ đề hành vi lai giữa sói, và các loài động vật này đang bị tranh cãi rất nhiều. Một số chủ sở hữu cho rằng chó lai của họ là những con vật hiền lành, nhút nhát, trong khi những giai thoại khác chỉ ra rằng chó lai sói rất khó đoán và hung dữ nguy hiểm. Một số vấn đề nảy sinh từ thực tế là chó đã được thuần hóa từ 15.000 đến 30.000 năm và trong thời gian đó, chúng đã được lai tạo có chọn lọc để có những kiểu hành vi cụ thể có lợi cho chủ sở hữu. Di truyền trái ngược nhau giữa con lai giữa chó sói và chó dẫn đến sự khó đoán. Sói lai cũng có khả năng coi chủ như một bầy của chúng và người chủ cần phải cẩn thận để khẳng định mình là thành viên thống trị trong bầy.
Một vấn đề quy mô lớn hơn của việc lai tạo đến từ các giống lai hoang dã. Ví dụ, một số loài thủy cầm hoang dã có thể dễ dàng lai tạo với các đồng loại trong nước. Điều này có thể làm vẩn đục nguồn nước di truyền của một loài, trong một số trường hợp, đến mức một loài có nguy cơ tuyệt chủng do lai tạo. Vấn đề này không chỉ giới hạn ở loài chim nước. Mèo rừng Scotland đang đứng trước nguy cơ tuyệt chủng vì bị lai với mèo nhà hoang dã.
